1525 – 1701 гг. Герцогство (курфюршество) Пруссия
Образование светского государства — Прусское герцогство в вассальной зависимости от Польши. Реформация и установление лютеранства в качестве официальной религии. Перенос столицы в Берлин. Бранденбургско-прусская уния. «Великое посольство» и посещение Кёнигсберга Петром Великим. 
В 1525 году был заключен Краковский договор между Великим магистром Альбрехтом и польским королем Сигизмундом, который предусматривал секуляризацию всех орденских земель и фактический переход в лютеранство. Земли закреплялись в потомственное владение за Альбрехтом. Он получил светский титул герцога Пруссии, за это признал себя вассалом польской короны и обязался предоставлять военную помощь Польше. После этого договора Тевтонский орден долгое время существует формально.
Период герцогства и вассальной зависимости был одним из самых трудных в истории Пруссии. Вместе с тем именно в это время Пруссия, соединившись с Бранденбургом, становится важной региональной державой. Курфюрст Фридрих Вильгельм, заложивший основы формирующегося прусского королевства, определил направление прусской политики: «Судьба не дала Пруссии права спокойно наслаждаться раз сделанными приобретениями; условием ее могущества она поставила непрерывное напряжение всех умственных сил, глубину и искренность веры, совмещение свободы с привычками повиновения и постоянную заботу о развитии оборонительных средств; если Пруссия об этом забудет, ей не сохранить настоящего своего положения в Европе». Именно так, шаг за шагом развивается Пруссия, постоянно готовясь принять различные новшества, избегая повторения ошибок и порой удивляя своим поведением правителей других немецких государств.
Правление первого светского правителя Пруссии — герцога Альбрехта связано прежде всего с религиозными и культурными изменениями, которые закрепили за герцогством статус регионального культурного центра. В 1534 году в Кёнигсберге открывается библиотека, основу которой составило замковое книжное собрание герцога, а в 1540 году библиотека получает статус общедоступной. Еще одним немаловажным событием стало учреждение в 1544 году Кёнигсбергского университета (Collegium Albertinum), одного из старейших высших учебных заведений в Восточной Европе.
После смерти основателя Прусского герцогства его потомки недолго управляли государством, и в 1618 году, после пресечения мужской линии наследования, польский король передает власть в Пруссии родственному дому бранденбургских курфюрстов. Создается новое бранденбургско-прусское государство, а столицей становится Берлин.
Новый этап развития связан с правлением герцога Фридриха Вильгельма (1620 – 1688), который существенно изменил как внешнее, так и внутреннее положение бранденбургско-прусского государства. При Фридрихе Вильгельме Польша перестает быть сюзереном и официально признает независимость Прусского герцогства.
Умело воспользовавшись противоречиями между Швецией и Речью Посполитой, Пруссия получает гарантии суверенитета сначала от Швеции (Лабиаусский договор 1656 года) как ее союзник, а после перехода в войне на сторону Польши и от Польши (Вилаусский договор 1657). Таким образом Пруссия формально получает дипломатическое признание как независимое государство. Оба договора были подтверждены Оливским соглашением. Основными участниками Оливского договора являлись Речь Посполитая и Швеция, но участвовавшие представители Прусского герцогства имели свои интересы. В результате подписания Оливского договора династия Гогенцоллернов де-юре получала Пруссию не как вассала Польши, а как независимую территорию, но в случае пресечения династии прусские территории передавались польской короне.
Главным успехом внутренней политики Фридрих Вильгельма следует признать укрепление экономических показателей герцогства. В первую очередь это связано с привлечением большого количества населения из других стран для заселения Бранденбурга, территории которого были разорены после Тридцатилетней войны, а также для укрепления хозяйственного благополучия Пруссии. Фридрих Вильгельм проводил политику веротерпимости. Так, после Потсдамского эдикта (29 октября 1685 года), объявлявшего о предоставлении убежища всем, кого преследуют за веру, в Бранденбург и Пруссию переселилось более 20 000 французских кальвинистов (гугенотов). Помимо французов в правление Фридриха Вильгельма новую родину нашли голландцы, швейцарцы, саксонцы и другие.
Существовала даже в определенной степени парадоксальная для XVII века ситуация, при которой король и его семья исповедовали кальвинизм, большинство населения были лютеранами, а курфюрст обещал королю Польши оказывать поддержку и защищать интересы католиков, проживавших на его территории.
Активная переселенческая политика (прокламации-приглашения, как их бы назвали сегодня, рекламные проспекты, издавались массовым тиражом и распространялись в зарубежных государствах), а также заинтересованность курфюрста и его окружения в улучшении хозяйственной ситуации в государстве сыграли свою роль, и к концу XVII века Бранденбургско-Прусское государство становится одним из самых динамично развивающихся в Европе.
В Кёнигсберге начинает издаваться своя газета, значительно увеличивается библиотека, Кёнигсбергский университет становится крупным научным центром.
Главным событием в истории русско-прусских отношений, несомненно, было посещение Пруссии Петром I (1697). Он путешествовал по Европе в составе Великого посольства и пытался сохранить инкогнито, которое достаточно быстро было раскрыто. На встрече между курфюрстом Бранденбургским Фридрихом III и Петром I было заключено торговое соглашение о двусторонней беспошлинной транзитной перевозке, а также достигнута договоренность о возможном заключении военного союза.
